По потпишувањето на протоколот за помирување, Бугарското тајно револуционерно братство сé самораспуштило и се слеало во ТМОРО со што престанло официјално да егзистира, но неговите поранешни членови продолжиле со својата активност, сега во самата организација:

                   Оваа грешка скапо ќе го чини македонското ослободително движење

             Солунскта  афера

        

     Во 1901 година сé откри една од најкрупните и најгласните афери – Солунската, – која што е предвесник на многу други афери во сите вилаети, на откривања и на зачестени судири.

Повод за солунската афера даде затворањето (23 јануари 1901) на двајца луѓе на Организацијата, Александар Ников – секретар на Централниот комитет и Милан Михајлов, кај кои сé најдоа револвери. Ников успева да избега, а Милан Михајлов, подложен на мачења, започнува да издава што знае. Како резултат на неговото говорење, полицијата изврши претрес во станот на ученикот од 7 клас Коне Лазаров и го најде списокот со имиња на работници, хектограф и други компромитирачки документи. Следува затворањето на редица други видни луѓе на комитетот: 

Христо Матов, д-р Христо Татарчев, свештеникот Стамат Танчев, трговецот Васил Мончев, сопственик на „Бошнак-ан“ и други. 

        Неколку дена подоцна Милан Михајлов, преоблечен во жандармериски алишта, ја посочува куќата, каде што се криеше ранетиот четник на Христо Чернопеев Кочо Карловалијата, лекуван од д-р Христо Татарчев. Една ноќ полицијата на излегување од Солун ја фаќа колата на кукушанецот Анго Арабаџијата, со којашто бегаа неколку барани луѓе на комитетот: секретарот Ников, ученикот Милан Ризов, четникот Тодорчо од с. Серменин, Гевгелиско. Секретарот Ников се самоубива, а Милан Ризов го издава членот на месниот комитет Атанас Ангелов, трговец, во куќата каде што сé криел.

Ретко турската власт наидувала на такви видни луѓе и крупни комитетски тајни.

        Никој во Солун и во околините центри на вилаетот не се чувствуваше сигурен. Очекувајќи секој момент да биде уапсен, книжарот Иван Хаџи Николов, единствениот член на Централниот комитет кој бил неуапсен, побрза да им предаде на учителите Иван Гарванов ( право во устата на волкот ) и Спас Мартинов адреси и сé неопходно за влегување во врска со провинциските организации и со Софискиот комитет.

Меѓу другите документи, кои паднале во турски раце, беше и опширниот шифрован цариградски рапорт на Александар Кипров за раскопаниот канал под темелите на Отоманската банка во Галата од анархотерористичката група на Сл. Мерџанов. На Милан Михајлов значи се должи и тоа, што централата на Отоманската банка не полета во воздухот.

Поттикнати од солунските резултати, турците започнаа да употребуваат со повод и без повод инквизициони методи и во соседните околии (каази).

Тукушко пламнува истовремено по предавството од Солун и поради судирот на Чернопеевата чета во с. Бајалци. Во таа прочуена борба опкружената чета си проби пат со напад и после целиот ден сé бори на отворено поле, кога даде седум убиени момчиња (од 13) и двајца ранети. Едниот од ранетите беше однесен од своите другари, а другиот остана во рацете на турците.

Предавството и борбата го чинеа градот Кукуш и четирите села (Морарци, Капиново, Гавалјанци и Крецово) такви маки, што од затворените и измачувани (42 и 45) двајца умреа, двајца осакатија, а еден (Христо Хаџи Попов) полуде.

Во Гевгелиско по повод борбата во Бајалци и на двете убиства од измачуваните (51, меѓу нив и жени) умреа двајца. Во Воденско пострадаа 45 души.

Така, во настанатата афера по повод солунските малтретирања, во бајалската борба беа затворени 44 души револуционери, заробени на разни дати во месеците февруари и март 1901 година. До јули судбината на секој од затворените беше определена: на 6 јули 1904 год. една група од 101 човек, меѓу кои имаше 8 души гевгеличани, била испратена на заточение во Мала Азија, тврдината "Подрум кале"; на 8 јули т.г. друга група од 40 луѓе, меѓу кои 17 гевгеличани била испратена пак во Мала Азија – Акија. Или, само гевгеличани дадоа 25 луѓе заточеници во врска со бајалската борба и солунската афера.

Тоа се случи по повод барањето на оружје и фаќање на работници од Организацијата, набележани по списоци и документи, пронајдени во Солун. Бајалската афера беше само дополнителна последица на Солунските откритија. Многу наши луѓе го припишуваат затворањето на организационите работници во Гевгелиско на бајалската афера. Всушност чорапот на аферата сé расплетуваше нé од Бајалци, туку од Солун." Динев, Ангел. Од минатото на Гевгелија - ("Македонија"), бр. 1772, 10.9.1932 г.

      Во Тиквешко настрадаа девет села. За преживеаните ужаси зборува фактот, што од стотици измачувани еден од с. Ресово и двајца од Мрзен-Ореховец умираат во страшни маки, а еден од с. Борово, за да го избегне затворот и мачењето, сé самоубива. Во Тиквешко, учителот Александар Станоев една богато надарена, кристално чиста поетска душа, преживува една потресна трагедија. За да го избегне затворањето, Станоев пука во себе, но куршумот минува над клепката. Паднат во бесвест, несреќникот беше пренесен во Неготино, лекуван, испратен во Солун, осуден и заточен во „Подрум кале“.

Не остана незасегнат од одразите на солунската афера и скопскиот округ – главно Радовишката кааза.

Рекапитулацијата на сите тие афери – последица на солунската – е страшна и по број и по својството на настраданите. Од затворените 188 беа осудени 101 (9 души на смрт). Една група од 40 души беше испратена на 6 јули во малоазијатската тврдина „Подрум кале“. Друга група од 44 души беше испратена на 8 август во Акција, исто малоазијатска тврдина.“

Како резултат на Солунската аферата, било одржано судење од 26 февруари до 14 март 1901 год. на кое биле изведени 19 души, членови на Организацијата. Од нив тројца беа осудени на смрт, седум, меѓу кои и Христо Матов и Пере Тошев, на вечен затвор, тројца, меѓу кои и Христо Татарчев и поп Стамат, на петгодишен затвор со синџири, еден на затвор во траење од две години и петмина обвинети биле ослободени. Сите осудени биле испратени на издржување на казната во Мала Азија, во тврдината Подрум-кале (некогашниот Халикарнас). Сите биле амнестирани во втората половина на 1902 година.